La serie è incentrata particolarmente sul rapporto sentimentale Sagara - Chidori e in alcune puntate sul rapporto sentimentale Sagara - Testarossa.
Abbandonate le atmosfere fantascientifiche e "serie" dei precedenti episodi, abbraccia una comicità fatta di gag a ripetizione basate sull'incapacità di Sousuke Sagara di vivere come un normale adolescente invece che come un soldato. Così ogni situazione all'apparenza comune, si trasforma agli occhi del ragazzo in una possibile minaccia per la sua compagna di scuola che, dal canto suo, prova in tutti i modi a riportare l'amico con i piedi per terra senza però aver successo...
full metal panic fumoffu 02) Hostiility non ricambiata 03) Summer Illusion d'acciaio 04) Hamburger Hill artistico 05) Grappler puro e impuro 06) Fetish del far comprare sotto minaccia 07)Full Metal Panic Pandemonium 08) Warcry esagerato 09) L'arrivo in Giappone della dea 10) L'arrivo in Giappone della dea (Capitolo delle terme) 11) Fancy senza codice d'onore 12) Il blue bird che non fa quello che dici 13) L'hot spot della quinta ora
01) L'uomo venuto dal sud http://www.megavideo.com/?v=RT1XHIUM
full metal panic the second raid
01) La fine dei giorni 02) Cosa Giace Sopra La Superifice Dell'Acqua 03) Il Labirinto Ed Il Drago 04) La luce del giorno 05) Graziosa Sicilia 06) Al Limite Del Paradiso 07) Lasciato Indietro 08) Proccupazioni censurata da mtv 09) Il suo problema 10) Le Due Hong Kong 11) Il Problema Di Lui 12) Hong Kong In Fiamme 13) Continuando Giorno Per Giorno 14) Sotto l'acqua della superficie 15) Il labirinto e il drago 16) Day Light 17) Splendida Sicilia 18) Edge of Heaven 19) Abbandono 20) Jungle Groove 21) Il problema di Lei oav_ Il Giorno Libero Del Colonnello 
Dopo gli eventi della serie precedente, Sousuke Sagara continua la sua missione di protezione di Kaname Chidori, mentre la Mithril porta avanti i suoi princìpi per mantenere la pace nel mondo. Questa interviene per sedare un misterioso gruppo di rivoltosi che ha rapito gli ambasciatori della Cina del nord e della Cina del sud, riuniti per tentare di trovare un accordo che ponesse fine alla guerra civile. Durante la missione i soldati Mithril cadono però in una trappola: le loro comunicazioni vengono intercettate e trasmesse al nemico dal traditore Vincent Blueno, che ne era il responsabile. Grazie ad un astuto stratagemma quasi tutti riescono ad uscire sani e salvi.
Kurz e Melissa partono alla cattura del traditore in Sicilia, a Canicattì, ma vengono scoperti durante la fuga. Raggiunti poco dopo da Sousuke, iniziano una fuga rocambolesca riuscendo a salvarsi solo grazie ad un misterioso AS che li aiuta a fuggire. Successivamente durante l'interrogatorio Blueno ammette di essere stato corrotto dall'Amalgam, un'organizzazione segreta con lo scopo di sviluppare e testare sul campo nuove tecnologie militari.
Nel frattempo Sousuke riceve l'ordine firmato (sebbene a malincuore) dal colonnello Teletha "Tessa" Testarossa per conto della Mithril di rientrare alla base di Merida, e di lasciare Kaname sotto la custodia segreta di un altro agente di nome Wraith. Sconvolto e arrabbiato, lascia il suo appartamento senza dire nulla a Kaname, come stabilito dagli ordini. Tornato alla base, Tessa in lacrime spiega a Sousuke che il motivo del richiamo consiste nel suo AS: infatti contro le tecnologie dell'Amalgam, l'Arbalest è l'unica arma efficace. Proprio con l'Arbalest Sousuke ingaggia un combattimento con Groseaux, nuovo comandante della SRT nonché pilota dell'AS intervenuto durante la fuga in Sicilia. Groseaux vince sebbene Sousuke usasse il Lambda Driver, spiegandogli che il motivo della sua sconfitta risiedesse nella scarsa fiducia che ripondeva nell'Arbalest.
Intanto ad Hong-Kong Yu Fan e Yu Lan, due sorelle implicate nell'Amalgam, disobbediscono agli ordini seguendo solo quelli del loro "sensei" (maestro): Yu Lan ha il compito di uccidere Kaname. Quest'ultima, spaventata per la scomparsa di Sousuke riesce a sorprendere Wraith, del quale si era insospettita. Improvvisamente Wraith viene ferito da Yu Lan e a Kaname non resta che fuggire. Miracolosamente riesce a stendere l'inseguitrice e, subito dopo, appare un giovane che si presenta come Leonard Testarossa che ordina ad uno dei suoi uomini, in realtà piccoli AS dotati di intelligenza artificiale, di uccidere Yu Lan. A morte avvenuta, prima di andarsene Leonard ruba un bacio a Kaname, che rimane sola e in lacrime.
Yu Fan incomincia a seminare morte e distruzione per Hong Kong. La Mithril interviene inviando una squadra sotto copertura (tra cui Melissa e Sousuke) con il compito di trovare l'AS nemico. In preda al rimorso di aver lasciato Kaname, Sousuke causa un incidente stradale in seguito al quale decide di abbandonare la missione. Girovagando solo e confuso per Hong Kong, Sousuke trova alcuni messaggi in codice rivolti a lui: indagando si trova davanti al sensei di Yu Fan e Yu Lan: Gauron. Grazie al Lambda Driver era riuscito a sopravvivere, sebbene ora fosse in pessimo stato (vedi ultima puntata di Full Metal Panic!). Dopo una lunga discussione Gauron, pensando che Yu Lan non avesse fallito, dice a Sousuke di avere ucciso Kaname. Questo in preda alla rabbia, lo uccide.
Mentre i suoi compagni si apprestano a cominciare la battaglia, gli viene inviato l'Arbalest su ordine di Tessa ma Sousuke, distrutto dalla notizia, non ha la forza di utilizzarlo. Improvvisamente appare proprio Kaname, arrivata ad Hong Kong grazie a Wraith, che riesce a ridargli coraggio e fiducia. Cosi rinvigorito, Sousuke entra nella battaglia contro l'Amalgam, che nel frattempo era riuscita ad uccidere Yu Fan. Dopo uno scontro violento, esce come assoluto vincitore sebbene fosse in netta inferiorità numerica.
La storia si conclude felicemente: pur continuando a lavorare come mercenario (sebbene con uno stipendio ridotto) Sousuke decide di tornare in Giappone e di continuare la sua vita da studente insieme a Kaname.
00) Il ritorno http://www.megavideo.com/?v=SB2A3NIS
